Der Fachbereich Mathematik ist wie an den meisten neu gegründeten Universitäten nicht in Institute und/oder Lehrstühle aufgegliedert, Einheiten sind vielmehr die Professuren mit dem ihnen zugeordneten wissenschaftlichen und nichtwissenschaftlichen Personal; manche der Einheiten haben sich allerdings organisatorisch zu größeren Gruppen zusammengeschlossen (Arbeitsgruppen).

Hinzu kommen als zentrale Einrichtungen das Dekanat mit dem Geschäftsführer des Fachbereichs und den für zentrale Aufgaben (Lehre im Servicebereich und zentrale wissenschaftliche Dienstleistungen) zugeordneten wissenschaftlichen Mitarbeitern, sowie die Graduate School „Mathematics as a Key Technology“ mit dem ihr zugeordneten Personal.

Aufgrund seiner mittleren Größe hat der Fachbereich Mathematik bewusst nie den Versuch unternommen, die ganze Breite der Mathematik mit eigenen Professuren zu vertreten. Stattdessen zielt er darauf, durch geeignete Schwerpunktsetzung Alleinstellungsmerkmale zu erreichen. Eine möglichst breit angelegte Kooperationsfähigkeit innerhalb der Mathematik und auch mit anderen Fachbereichen der Universität hat für den Fachbereich dabei einen hohen Stellenwert.